Während ihres Pontifikats pflegte Johanna angeblich mehrere heimliche Liebschaften und wurde schließlich schwanger. Nach ihrer eingangs geschilderten Sturzgeburt soll sie – hier widersprechen sich die Berichte – entweder von der aufgebrachten Menge ermordet oder in ein Kloster verbannt worden sein.

Ein so spektakulärer Vorfall müsste mit hoher Wahrscheinlichkeit in den zeitgenössischen Chroniken vermerkt worden sein. Doch es dauerte mehr als 400 Jahre, bis der Name einer Päpstin Johanna auftaucht. Der Dominikanermönch Martin von Troppau erwähnt 1278 in seiner „Chronik der Päpste und Kaiser“ erstmals ausführlich diesen Kasus, verschweigt aber leider seine Quellen. Vermutlich geht sein Bericht auf eine anonyme zeitgenössische Satire über den tatsächlichen Papst Johannes VIII. zurück, der von 872 bis 882 regierte. In einem religiösen Streit mit dem byzantinischen Patriarchen Photios zeigte er sich so nachgiebig und kompromissbereit, dass ein Satiriker ihm „weibische“ Eigenschaften andichtete.

Um dem Johanna-Stoff ein gewisses Maß an Glaubwürdigkeit zu verleihen, erfand man Legenden. So habe nach 858 jeder neu gewählte Papst auf einem Stuhl mit durchbrochener Sitzfläche, der „Sella stercoria“, Platz nehmen müssen. Darunter hockte ein Priester, der dem Papst zwischen die Beine griff. Erst wenn er rief „Habet!“ (Er hat es), erlangte die Papstwahl Gültigkeit. Die Tatsache, dass kirchliche Prozessionen in Rom den „Vicus papessa“ (Päpstin-Gasse) vermieden, wurde als Indiz dafür gewertet, dass hier Johannas peinliche Niederkunft stattgefunden habe.